水稲品種開発部では、水稲の食味・品質・耐冷性・耐病性に優れた品種育成と奨励品種の選定、優良種子の生産を行っています。
「つがるロマン」、「まっしぐら」等の主食用粳（うるち）品種の育成を主体に、糯（もち）品種、酒造適性品種（酒米）、直播向け品種、一般の米とは違った形状や性質を持つ新形質米品種、飼料用品種などの育成を行っています。
津軽地域に適した極良食味品種の育成
水稲品種の育成は、水稲品種開発部（黒石市）と藤坂稲作部（十和田市）の２か所で行っています。当部では、津軽地域に適した粳（うるち）品種として「つがるロマン」、「まっしぐら」、「ゆめあかり」、「むつほまれ」等の多くの品種を開発してきました。
現在、食味・品質が「コシヒカリ」並みで、寒さや病気に強い品種を目指して育成を行っています。
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直播向け品種の育成
米づくりの低コスト化・省力化・軽労化のための栽培技術として、苗づくりや田植え作業を省略する直播栽培法があります。気象条件の厳しい青森県に適した、早生・早熟で倒れにくく、低温でも苗立ちの良い品種の育成を行っています。
各種用途向け品種の育成
酒酒米、糯（もち）米の他に、米の形状・性質や用途などに特徴のある香り米、低アミロース米、極小粒米、紫黒米、巨大胚米などの新形質米の育成を行っています。これまでに、酒米品種「華吹雪」「華想い」、糯米品種「あかりもち」、香り米品種「恋ほのか」、低アミロース米品種「ねばりゆき」、極小粒米品種「つぶゆき」、紫黒米品種「紫の君」「式部糯」等を育成し、本県の奨励品種、認定品種に指定されています。
飼料用稲として、稲発酵粗飼料用品種「うしゆたか」が飼料作物奨励品種に指定されています。
また、観賞用品種として、葉色が白い「ゆきあそび」、葉色が赤い「べにあそび」、葉色が橙色の「あかねあそび」、穂の色が赤い「赤穂波」、穂の色が紫色の「紫穂波」を育成しました。なお、観賞用品種は当センターで種子を配付していますので、配付を希望される方は以下の配付予定及び配付条件を確認下さい。
華想い(左)と華吹雪(右)
水稲奨励品種の選定
育成された系統を黒石市、十和田市の研究部の他、県内９か所で試験栽培し、出穂期や収量性・食味・品質等多くの特性を調査します。調査結果に基に県内で安定的に栽培できるかどうかを判定し、将来本県の主力となる品種を選定します。
農林総合研究所では、稲作農家が使用する種子の元種（もとだね）である原種（げんしゅ）を生産しています。さらにその元種である原原種（げんげんしゅ）も生産しています。
原種とは、育成された個々の品種の持つ特性（食味、品質、収量性、寒さや病気に強いか弱いか等）が失われないように維持されている種子をいい、厳重な栽培管理の下で生産されます。原原種とは更にその元種で、１株１本植えで１株ずつ特性を調査し厳重な栽培管理の下で生産されます。
まっしぐらの原種ほ場