| 上下（左右）の貝殻内部の周辺は、半透明な外套膜というもので被われています。外套膜は貝殻を作ったり、泳ぐ方向を決める働きがあります。また、外套膜の周辺には多数の目や触手が存在します。 | |
| 外套膜の周辺にある黒い点が全て目です。上（左）の外套膜には約50個、下（右）の外套膜には約30個あります。1個の目で100度くらい見渡せます。色は判りませんが、明暗でヒトデなどの外敵が近づいて来たことが判ります。 | |
| ホタテガイの貝柱は2種類の筋肉からなっています。1つは大きい貝柱で有紋筋でできていて、泳ぐときに貝殻を瞬間的に閉じるために使います。もう１つは大きい貝柱の横に三日月状の小さな貝柱があり、貝殻をじっと閉じておくために使います。 | |
| 心臓は貝柱と中腸腺の間にあり、２心房、１心室からなっています。血液は透明ですが、アメーバ状の血球が多数存在します。 | |
| 貝柱と蝶番の間にある黒または灰色の器官ですが、この中には胃あります。口から取り込んだ餌（植物プランクトンやその死骸）はここで消化され、消化されてた一部はここで吸収されます | |
| 中腸腺の横に茶色の柔らかな器官で、その奥には口があります。唇は、餌を集めて口に入れる働きがあります。 | |
| 貝柱の横にある三日月状の器官ですが、冬になるとこの器官は大きくなり、雌は橙赤色またはピンク色になり、雄は乳白色に変化します。 | |
| 中腸腺の付近の生殖巣に足が付いていますが、小さい頃に採苗器、海藻などに付着するために使います。 | |
| 貝柱の横にある茶色の柔らかい器官ですが、鰓は呼吸するとともに、海水中にある餌（植物プランクトンやその死骸）をろ過して集める働きがあります。 | |
| 上の貝殻は茶褐色で左殻と呼ばれていて、下の貝殻は白色で右殻と呼ばれています。天然の貝では年輪のように成長の障害輪を数えることで年齢が判りますが、養殖貝では作業中に貝殻がかけたりするために、年齢を判別するのは難しいです。 | |