農林部門は農業分野の３研究所及び林業分野と畜産業分野を合わせ５つの研究機関からなり、農林畜産物の生産関連技術、品種開発、防疫等に関する試験研究を行っています。
農業分野は農作物の種類に対応した試験研究体制がとられており、農林総合研究所は 水稲、畑作物、花き、施設園芸作物を研究対象とし、野菜研究所は露地野菜や特産野菜等を、また、りんご研究所はりんごをはじめぶどう、おうとう等の果樹を対象としています。
畜産業分野は、畜産研究所が牛、鶏及び飼料作物等を対象に、技術開発及び支援等の研究の他、各種技術相談や研修等の活動を行っています。
林業分野は、林業研究所が多面的機能を発揮する森づくりや林業・木材産業振興に寄与するための研究を行っています。