食品加工部門は３つの研究機関があります。

食品総合研究所は、県内で漁獲される水産物を取り扱っています。
加工適性、加工技術及び品質管理技術の研究、加工事業者や沿岸漁村へ技術普及指導を行っています。

下北ブランド研究所は、水産物と農畜産物の両方を取り扱っています。
水産物の鮮度保持や成分特性に関する研究、農畜産物の加工品・技術の開発を行っています。

農産物加工研究所は、県内の農畜産物を取り扱っています。
加工特性調査及び技術の開発改良、加工事業者への技術普及指導、商品化のための技術支援を行っています。